營改境後，跨境物流以下方面是可以免稅：
一、跨境物流適用的增值稅率(or征收率)
營改增小規模納稅人，應稅服務年銷售額未超過500萬元(<500萬元)的納稅人。營改增一般納稅人，應稅服務年銷售額超過500萬元(≥500萬元)的納稅人。
二、這些跨境行為適用增值稅零稅率或免稅
(一)中國境內的單位和個人銷售的下列物流相關服務，適用增值稅零稅率：
(1)國際運輸服務。即：1.在境內載運旅客或者貨物出境。2.在境外載運旅客或者貨物入境。3.在境外載運旅客或者貨物。
(2)財政部和國傢稅務總局規定的其他服務。
(二)中國境內的單位和個人銷售的下列物流相關服務免征增值稅(財政部和國傢稅務總局規定適用增值稅零稅率的除外)：
(1)存儲地點在境外的倉儲服務。
(2)為出口貨物提供的郵政服務、收派服務、保險服務(包括出口貨物保險和出口信用保險)。
(3)向境外單位提供的完全在境外消費的物流輔助服務(倉儲服務、收派服務除外)。
(4)以無運輸工具承運方式提供的國際運輸服務。
(5)財政部和國傢稅務總局規定的其他服務。
(三)按照國傢有關規定應取得相關資質的國際運輸服務項目，納稅人取得相關資質的，適用增值稅零稅率政策，未取得的，適用增值稅免稅政策。
境內的單位或個人提供程租服務，如果租賃的交通工具用於國際運輸服務和港澳臺運輸服務，由出租方按規定申請適用增值稅零稅率。
境內的單位和個人向境內單位或個人提供期租、濕租服務，如果承租方利用租賃的交通工具向其他單位或個人提供國際運輸服務和港澳臺運輸服務，由承租方適用增值稅零稅率。境內的單位或個人向境外單位或個人提供期租、濕租服務，由出租方適用增值稅零稅率。
境內單位和個人以無運輸工具承運方式提供的國際運輸服務，由境內實際承運人適用增值稅零稅率;無運輸工具承運業務的經營者適用增值稅免稅政策。
(四)境內的單位和個人銷售適用增值稅零稅率的服務或無形資產的，可以放棄適用增值稅零稅率，選擇免稅或按規定繳納增值稅。放棄適用增值稅零稅率後，36個月內不得再申請適用增值稅零稅率。
(五)對增值稅小規模納稅人中月銷售額未達到2萬元的企業或非企業性單位，免征增值稅。2017年12月31日前，對月銷售額2萬元(含本數)至3萬元的增值稅小規模納稅人，免征增值稅。
三、跨境物流可合理避稅
對於跨境物流企業常用到的倉儲裝卸及運輸服務，營改增後費用核算有些變化，如何能合理避稅，可以先看個例子：
某公司為增值稅一般納稅人，該企業為客戶提供貨物運輸服務和倉儲搬運服務。1月，該公司取得貨物運輸服務收入為600萬元，倉儲搬運服務收入為200萬元。假設以上收入均為不含稅價，城建稅稅率成為7%，教育費附加3%，本月可抵扣的進項稅額為30萬元，無上期留抵稅額。
方案一：若該公司未分別核算兩項業務收入，則應繳納的增值稅=(600+200)*11%-30=58(萬元)
方案二：若該公司分別核算兩項業務收入，則應繳納的增值稅=600*11%+200*6%-30=48(萬元)
兩種方案增值稅附加相差=(58-48)*(7%+3%)=1(萬元)
該公司分別核算兩項業務收入後少繳增值稅及附加=58-48+1=11(萬元)
“營改增”後，做跨境物流可以選擇性的將非主要業務外包，一方面能增加可抵扣進項額，減少需繳納的增值稅，在享受專業服務同時，還可因為抵扣鏈條延長而享受到稅收優惠。此外，企業可以通過把相關業務分離成立子公司的形式(如將原來的內部運輸隊分離出來，成立具有一般納稅人資質的獨立法人)，延長增值稅抵扣鏈條，享受稅收優惠。